Die Struktur einer Evangelischen Kirchengemeinde in Westfalen wird durch das Kirchenrecht der Evangelischen Kirche von Westfalen geregelt. Geleitet wird die Kirchengemeinde durch das Presbyterium. Es besteht aus gewählten Gemeindevertretern (Presbyter:innen, in Lippstadt sind es 18), den gewählten Pfarrer:innen (5), sowie aus Gästen mit beratender Stimme (5). Das Presbyterium verantwortet die inhaltliche Ausprägung der Gemeinde, den Haushalt, die hauptamtlich Mitarbeitenden, sowie die Kirchen und Gebäude. Die Kirchengemeinde wird nach Außen und Innen durch den Vorsitzenden des Presbyteriums vertreten. In der Mehrzahl wurde diese Aufgabe von den Theolog:innen der Kirchengemeinde wahrgenommen. Seit drei Jahren leitet ein gewählter das Presbyterium (zuletzt war dies in den 1990er der Fall).

Auf Bezirksebene gab es kleine Presbyterien, die Bezirksausschüsse. Sie entwickelten ihr eigenes Selbstverständnis und verantworteten die gemeindlichen Aktivitäten vor Ort. Im Rahmen einer Neustrukturierung traten an deren Stelle die sogenannten Seelsorgebereiche und Foren an den jeweiligen Kirchen. Neben den Foren arbeiten die Fachausschüsse für Bau und Finanzangelegenheiten, Jugendarbeit und Diakonie, sowie Kirchenmusik und Diakonie. Im Lippstädter Pfarrkonvent treffen sich wöchentlich die Pfarrer:innen mit hauptamtlich Mitarbeitenden (zurzeit mit dem Kantor/Kirchenmusiker). Hier ist der Ort für kollegiale Beratung, für seelsorgerliche Begleitung und konkrete Planungen der inhaltlichen Gemeindearbeit. Der ehrenamtliche Vorsitzende des Presbyteriums nimmt einmal im Monat am Lippstädter Konvent teil. Der Vorsitzende des Presbyteriums trägt die Personalverantwortung für alle Mitarbeitenden der Kirchengemeinde. Dies gilt nicht für die Pfarrerinnen und Pfarrer, deren Dienstvorgesetzte der Superintendent des Evangelischen Kirchenkreises Soest-Arnsberg ist.